- Contribue à améliorer la gestion de l’eau et à lutter contre sa pollution, à l’échelle du bassin versant français de la Méditerranée.
- Perçoit des redevances auprès des utilisateurs de l’eau pour les prélévements qu’ils effectuent ou la pollution qu’ils générent, selon le principe "pollueur-payeur" (ou "préleveur-payeur"). Ces redevances ont pour principal objectif d’inciter chacun à mieux gérer l’eau.

L’Agence intervient dans six domaines :

• Restauration et entretien des milieux aquatiques.
• Gestion des ressources en eaux superficielles et souterraines
• Amélioration de la qualité des eaux pour l’alimentation en eau potable
• Assainissement des collectivités
• Lutte contre la pollution industrielle et élimination des déchets toxiques
• Lutte contre la pollution agricole